Питання про роль гностицизму в ранньому християнстві неясне. Слово «гносис» по-грецьки означає знання, пізнання; але тут малося на увазі не справжнє досвідчене пізнання реального світу, а містичне пізнання бога. Гностики— це філософи-містики, що затверджували, що людина може пізнати розумом таємницю божества і суть миру. Історики християнства звичайно розглядають гностицизм як відгалуження цієї релігії, як єресь, сектантське віровчення, незабаром пригнічене правовірними християнськими богословами. Навпаки, інші учені, перш за все А. Древе, вважають, що не гностицизм виріс на ґрунті християнства, а, навпаки, християнство на ґрунті гностицизму, тобто гностицизм давніший за християнство . Частка істини є, мабуть, в тій і іншій точці зору: ранні учення (I—II ст.) гностик дійсно вплинули на саме становлення християнської ідеології; Філон Олександрійський, якого називають «батьком християнства», був гностиком; а пізніші (з середини II ст.) стали розглядатися як відхилення від «дійсного» християнства.
Суть учення гностиків, що виросло на основі ідеалістичної філософії, пізнього еллінізму, полягала в дуалістичному зіставленні світлого, доброго духу і темного, повного страждань матерії. Добрий великий бог, дух плерома (буквально «повнота»), не міг бути творцем такого поганого світу. Світ створений якимсь підлеглим, злим і обмеженим богом. Деякі гностики ототожнювали його з єврейським Яхве. Між недоступним благим богом і низовинним матеріальним світом немає ніякого прямого зіткнення. Але між ними є посередник, божественний Логос (слово, сенс, розум), який і може врятувати страждаюче людство і ввести його в царство світлого духу-бога. Правда, це доступно не всім людям, а тільки вибраним, людям духу, «пневматикам» (від грецького дух, дихання).
Вчення, гностики, про Логос перейшло в християнство, влившись в образ Христа-рятівника. Особливе це видно в четвертому євангелії («від Іоанна»), пронизаному духом, гностики («На початку було слово, і слово було у бога, і слово було бог...»; Побут., 1: 1). Але на відміну від християн (іудео-християн) більшість гностиків рішуче відхилили всю єврейську релігію, вважаючи єврейського бога Яхве злою істотою, протиставляючи йому свого світлого великого бога і рятівника — Логосу. Це неприйняття іудаїзму особливо різке виражено було в проповіді Маркіона (середина II ст.), який начисто відкидав весь Старий завіт. У вченні Маркіона і інших гностиків досягли вищої крапки антиєврейські настрої. Християнство, проте, не пішло по цьому шляху, а, навпроти постаралося примирити єврейську релігію з культом рятівника.
Втім, гностицизм і не міг зробитися пануючою течією в християнстві вже по одному тому, що це був світогляд філософськи освічених, витончених інтелігентів, багатих людей, учення, недоступне широким масам; масам потрібні були живий образ рятівника, а не відвернути філософський Логос і тому подібні умоглядні роздуми. Але все таки дещо з філософії, гностики, увійшло до християнського віровчення.
Інша єретична течія, що виникла теж в II ст., було спробою відродити бойовий дух іудео-християнства I в. Це був рух монтанистів, добре досліджений радянським істориком А. Б. Рановічем. Засновник секти Монтан, колишній жрець Кибели у Фрігії, - про нього, втім, дуже мало відомо — рішуче виступав проти всякої регламентації церковного життя, проти влади єпископів, що росте. Він був харизматиком і проповідував від імені самого бога («Я — Господь бог вседержитель, що перебуває в людині», - говорив він), дотримувався і вимагав крайнього аскетизму і безшлюбності (хоча його послідовники і не дотримували цієї вимоги), проголошував швидке друге пришестя Ісуса Христа і кінець світу. Це була безнадійна спроба зупинити невідворотний процес переродження первинного революційно-демократичного християнства в мирну релігію, вигідну рабовласникам. Монтанізм був поширений головним чином у Фрігії. До нього примикав і видний християнський апологет Тертулліан, хоча революційну сторону цього учення він затушовував.
До середини II ст. у християнських общинах вже міцно захопили владу заможні елементи, рабовласники і торговці. Їм вдалося подавити цю демократично-фанатичну течію.
У боротьбі проти монтанізма, за зміцнення єпископальної організації церкви і було створене вчення про апостольську спадкоємність єпископської влади, про те, що сам Христос через апостолів передав єпископам владу і уповноважив їх керувати церквою в справах віри.
Після подолання містичних і есхатологічних течій II ст. у III ст. ми бачимо появу нових сект. З них особливо характерна секта манихеїв, що розповсюдилася на Сході, в Ірані і сусідніх країнах. Це було своєрідне з'єднання християнства із зороастризмом: різко дуалістичне віровчення. Названо на ім'я напівлегендарного Ваб (Манеса, Маніхея), страченого в 276р. Головне в ученні манихеїв— це ідея полярної протилежності світла і тьми, добра і зла. Видимий нами світ, у тому числі і люди, породжений зміщенням частинок світла з частинками тьми. Ісус, що утілився в примарному тілі, учив людей розділяти світло від тьми, добро від зла. Тому ж учив Ваб. Весь Старий завіт і велику частину Нового заповіту манихеї відкидали. Общини їх були розділені на класи; вищий клас — «вибраних», «чистісіньких» — брав участь у всіх релігійних обрядах, інші тільки в деяких. Після перетворення християнства в державну релігію манихейська секта була пригнічена, але ідеї її пізніше відродилися в середньовічних сектах павликіан, богомолів і ін., і там вони одержали яскраве класове забарвлення.
Найвиразніше класове коріння видно в єресі донатистів (на ім'я єпископа Доната), що розповсюдилася переважно в Північній Африці в IV в. Донатисти повставали проти всяких компромісів з державною владою, не визнавали єпископів і священиків, чим-небудь що заплямували себе, хоч би і в особистому житті. У міру загострення кризи рабовласницької Римської імперії рух донатистів до кінця IV ст. (коли вже християнська церква стала пануючою в імперії) прийняло форму відкритого повстання бідноти проти багатих: цей відомий рух агоністиків (Христових воїнів), або циркумцеллионів, які із зброєю в руках громили маєтки багачів. Уряду насилу вдалося подавити рух; проте донатистські общини в деяких районах Північної Африки зберігалися до самого мусульманського завоювання (VII ст.).
Але якщо донатисти-агоністики з догматичних питань майже не розходилися з пануючим віровченням і глибокого розколу в церкві їх рух не породив, то інакше вийшло з єрессю Арія, найкрупнішим опозиційним рухом в церкві IV ст., вже після перетворення її в пануючу. Головним вогнищем аріанства був Єгипет, особливо Олександрія, де дуже міцні були традиції, еллінізму. Арій був священиком в Олександрії. Він намагався пом'якшити догматичну безглуздість церковного вчення про боголюдину, зробити його прийнятніше для людей, звиклих мислити. За твердженням Арія, Ісус Христос не був народжений богом, а створений їм; отже, він не «єдиносущний» богу-батькові, а «подібносущен» йому. Різниця між цими двома словами по-грецьки виражалася в одній букві «I», але ця різниця здавалася тоді надзвичайно важливою: адже йшлося про природу Ісуса Христа — рятівника, а це була основа основ християнського віровчення. Навколо проповіді Арія зажевріли запеклі суперечки. Арія підтримували широкі маси населення Єгипту, Особливо Олександрії, і справа доходила до вуличних сутичок. За цим, звичайно, крилися політичні мотиви: небажання жителів Єгипту терпіти централізаторську політику імперії. Але якраз для імператора всього важливіше було тоді зберегти єдність держави. Імператор Костянтин, хоча він сам і не був ще тоді християнином, вжив енергійні заходи для подолання розколу. Він скликав із цього приводу уселенський собор духівництва (1-й Уселенський собор 325 р. в р. Нікеї). Єресь Арія була засуджена, і сам Арій з того часу вважається в ортодоксальній церкві найжахливішим єретиком і грішником.
Проте аріанству ще довго існувало. Воно розповсюдилося і за межами імперії, його прийняли готи, вандали, лангобарди, пізніше, правда, що перейшли в католицтво.
Аріанство було розгромлено, але незабаром з'явилося близьке до нього учення Несторія (єпископа Константинопольського) . Несторій учив, що Ісус Христос був людиною, яка лише зовнішнім чином з'єднався з другим обличчям трійці — богом-сином, і що тому діву Марію слід називати не богородицею, а человекородицею або христородицею.
Єресь Несторія обговорювалася на 3-му Ефесському уселенському соборі (431 р.). Несторіанство було засуджено. Проте воно мало дуже сильний вплив на Сході, де відвіку панували дуалістичні релігії. На Сході воно як самостійна релігія утрималося на тривалий час, воно грало крупну роль в середньовічній Центральній Азії і зберігається донині у окремих дрібних народностей (айсори, мароніти в Лівані, «сірійські християни» в Південній Індії).
У боротьбі з аріанством і несторіанством в IV—V ст. з'явилася протилежна течія з того ж питання про природу Ісуса Христа. Представники цього напряму учили, що Ісус Христос не був по суті людиною, що в ньому божеська природа настільки подавила людську, що Ісус Христос був в найповнішому сенсі богом. У ньому були не дві, а одна природа — божеська. Це вчення про «одну природу» Ісуса Христа дало початок монофізитської(від грецького monos — один, рhysis — природа) секті, заснованій єпископом Євтихієм. Вона одержала широкий вплив в Східно--римській імперії в V ст. Не дивлячись на засудження її IV Уселенським — Халкідонським — собором (451 р.), вона зміцнилася в цілій низці країн. У цьому виявилася боротьба цих країн за церковну і політичну незалежність від Візантії. Вірменська церква, а також копти і абіссінці донині дотримуються монофізитства.
