Згідно із статутними та регламентними нормами, з ПФЛ виключено футбольні клуби «Говерла-Закарпаття» Ужгород та «Металург» Запоріжжя, які за результатами Чемпіонату України з футболу серед команд клубів ПФЛ посіли перше та друге місця у турнірній таблиці відповідно, та отримали право брати участь у змаганнях, що проводяться під егідою Прем’єр-ліги України.
Наразі обидва клуби вже прийняті до її складу рішенням загальних зборів.
Крім цього, рішенням Центральної Ради зі складу ПФЛ виключено футбольний клуб «Іллічівець» Маріуполь, друга команда якого наступного сезону виступатиме у турнірі U-19, що проводитиметься Прем’єр-лігою, починаючи з сезону 2012-2013 років.
Футбольні клуби «Прикарпаття» Івано-Франківськ, «Дніпро-2» Дніпропетровськ та «Енергетик» Бурштин не братимуть участь у чемпіонаті серед команд клубів ПФЛ. За підсумками атестування івано-франківський клуб не виконав необхідних вимог, через що не був допущений до змагань наступного сезону.
ФК «Енергетик» та «Дніпро-2» Дніпропетровськ знято зі змагань рішенням Дисциплінарного комітету через повторні неявки на матчі.
Водночас до складу першої ліги ПФЛ прийнято футбольний клуб «Олександрія» Олександрія. У свою чергу, друга ліга поповнилася командами футбольних клубів «Жемчужина» Ялта, «СКА» Одеса та «Тернопіль» Тернопіль.
Крім цих клубів, наступного сезону у чемпіонаті серед команд клубів другої ліги братиме участь команда «Полтава-2».
